Ejemplo para la generación del SHA-256 

import java.security.MessageDigest;

import javax.xml.bind.DatatypeConverter;

public String algoritmoHash(byte[] pArchivo, String algorithm) {

String hashValue = "";

try {

MessageDigest messageDigest = MessageDigest.getInstance(algorithm);

       messageDigest.update(pArchivo);

       byte[] digestedBytes = messageDigest.digest();

hashValue = DatatypeConverter.printHexBinary(digestedBytes).toLowerCase();

}

catch (Exception e) {

System.out.println("Error generando Hash");

}

return hashValue;

}

Ejemplo para obtener el SHA256

public String obtenerSHA2(byte[] archivo) {

String vSha2 = algoritmoHash(archivo,"SHA-256");

       return vSha2;

}